Nur wenn die Hodenzyste dem Betroffenen enorme Beschwerden wie Schmerzen (häufig bei Berührung, im Sitzen oder Gehen) bereitet, wird zu einer Operation geraten. Der chirurgische Eingriff erfolgt meist ambulant unter einer kurzen Vollnarkose. Hierbei wird die Zyste zunächst mittels kleinem Schnitt am Hodensack freigelegt und anschließend abgetragen.

Spermatozelen werden nur operiert, wenn sie Beschwerden verursachen. Dabei unterbindet der Arzt die Zysten und löst sie danach sorgfältig vom Nebenhoden ab. Ist der Nebenhoden vollständig mit Zysten durchsetzt, muss er komplett entfernt werden.